Dalam Rencana Strategis (Renstra) Universitas Jember 2011-2015, rencana pengembangan kelembagaan termasuk rencana pembukaan program studi baru di lingkungan Universitas Jember, dinyatakan pada program 4.1 yaitu pengembangan kelembagaan dan kapasitas penyelenggaraan pendidikan. Lebih lanjut rencana pengembangan kelembagaan tersebut dipertegas pada Renstra Universitas Jember 2016-2020 pada isu ke 5 yaitu peningkatan akses dan equity pendidikan bagi masyarakat dan membuka peluang bagi terselenggaranya pendidikan bertaraf internasional sebagai bentuk pengenalan martabat dan jati diri bangsa.
Berdasarkan Renstra di atas jelas terlihat bahwa Universitas Jember memiliki keinginan yang kuat dalam pengembangan kelembagaan khususnya adalah pembukaan program studi baru termasuk Program Studi S2 (Magister) Fisika di Jurusan Fisika, FMIPA Universitas Jember. Dalam era globalisasi dan berlakunya Masyarakat Ekonomi Asean (MEA) ini, keinginan Universitas Jember tersebut didukung dengan adanya tuntutan masyarakat pengguna lulusan pendidikan tinggi, baik di kalangan dunia industri dan pemerintah daerah maupun pusat, akan semakin besar pula kebutuhan SDM yang lebih berkualitas dan profesioanal dengan jenjang pendidikan S2.
Pembukaan Program Studi S2 (Magister) Fisika di Jurusan Fisika, FMIPA Universitas Jember, selain secara legal telah dituangkan dalam Renstra juga didasarkan pada kemampuan dan potensi yang dimiliki oleh Universitas Jember dalam mengelola Program Pasca Sarjana yang berkualitas. Adapun kemampuan dan potensi yang dimiliki oleh Universitas Jember dalam menyelenggarakan Program Studi Magister Fisika (S2) tersebut adalah adanya sumber daya manusia (baik tenaga pendidik dan kependidikan), sarana prasarana dan sumber daya lain yang memadai.
Berdasarkan kondisi di atas maka Senat Universitas Jember telah memberikan pertimbangan persetujuan untuk dibukanya Program Studi Magister Fisika (S2) di Jurusan Fisika, FMIPA Universitas Jember. Surat pertimbangan persetujuan Senat Universitas Jember tersebut dituangkan dalam bentuk surat Rekomendasi Senat Perguruan Tinggi Nomor 3061/UN25/KL/2016
Program Studi Magister Fisika (S2)-FMIPA Universitas Jember ini didirikan berdasarkan SK MENRISTEK DIKTI No.416/KTP/I/2016 tertanggal 14 September 2016. Program Studi S-2 (Magister) Fisika FMIPA didirikan dengan mengingat sangat pentingnya peran hasil penelitian bidang: fisika material, elektronika-instrumentasi, biofisika, fisika komputasi serta geofisika untuk diaplikasinya dalam membentuk perkembangan teknologi dan industri maju di bidang agroindutri pertanian, energi terbarukan, kesehatan atau lingkungan lingkungan bagi pembangunan nasional. Keberadaan Program Studi ini sangat penting dalam meningkatkan keunggulan komparatif dan kompetitif produk industri nasional sehingga menjadi produk unggulan yang mampu bersaing di pasar global sehingga dapat memberikan manfaat bagi peningkatan kualitas nation competitiveness. Program Studi S-2 (Magister) Fisika FMIPA memiliki 6 (enam) Kelompok Riset (KeRis), yaitu: Material Maju, Non-Destrruktif Elektronika dan Instrumentasi, Komputasi Material Terapan dan Energi (KMTE), Instrumentasi dan Komputasi Optoelektronika, Biofisika dan Geofisika Lingkungan dan Sumberdaya.